வரதராஜப் பெருமாள் கோயிலின் வரலாறு பல இலட்சக்கணக்கான வருடங்களுக்கு முந்தையதாகும். ஒருமுறை பிரம்மதேவர் பகவான் விஷ்ணுவை சங்கு, சக்கரம், கதை, மற்றும் தாமரையுடன் நான்கு கர உருவில் காண விரும்பி, கடும் தவத்தை மேற்கொண்டார். பிரம்மாவின் பக்தியினால் திருப்தியுற்ற பகவான் நாராயணர் அவருக்காக ஒரு புஷ்கரணியின் வடிவில் தோன்றினார். ஆயினும், திருப்தியடையாத பிரம்மா தமது தவத்தைத் தொடர, பகவான் நாராயணர் ஒரு காட்டின் வடிவில் பிரம்மாவிற்குத் தோன்றினார். அந்தக் காடு இன்று நைமிஷாரண்யம் என்று அறியப்படுகிறது.